\documentclass[aspectratio=169,ignorenonframetext,presentation]{beamer}

%
% Header
%

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\usetikzlibrary{decorations.pathreplacing, positioning, arrows.meta}

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  \tikz[remember picture,baseline=(#1.base)]%
  {\node[inner sep=0pt] (#1) {#2 \quad};}}

\newcommand{\tikzbrace}[3]{%
\begin{tikzpicture}[remember picture,overlay]
  \draw[decorate,decoration={brace}] (#1.north east) -- node[right]
  { % XXXX: hfill
    #3}
  (#1.north east |- #2.south east);
\end{tikzpicture}}


\usetheme{Madrid}
\useoutertheme[subsection=true]{smoothbars}

\makeatletter
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\makeatletter
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{
  \leavevmode%
  \hbox{%
    \begin{beamercolorbox}[wd=.15\paperwidth,ht=2.25ex,dp=1ex,left]{author in head/foot}%
      \usebeamerfont{author in head/foot}\quad S. Tournier
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  \vskip0pt%
}
\makeatother

\title[Reproductibilité, solution avec Guix]%
{Reproductibilité des environnements logiciels \\ une solution avec GNU Guix ?}
\author{Simon Tournier}
\date{Ateliers FCC, 21 juin 2022}
\institute{Inserm US53 - UAR CNRS 2030 \\ \texttt{simon.tournier@u-paris.fr}}
\hypersetup{
  pdfauthor={Simon Tournier},
  pdftitle={Reproductibilité des environnements logiciels, une solution avec GNU Guix ?},
  pdfkeywords={GNU Guix, reproductibilité, déploiement logiciels, gestionnaire de paquets, machine virtuelle},
  pdfsubject={GNU Guix},
  pdfcreator={with love},
  pdflang={French}}


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\input{listings-scheme}

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\newcommand{\thisslide}[1]{%
  \begin{figure}[!htb]
    \begin{center}
      \includeslide[width=\textwidth]{#1}
    \end{center}
  \end{figure}
}

\newcommand{\smiley}[1]{${\textsf{#1~}}^{\textrm{:-)}}$}

\newcommand{\hrefsf}[2]{\href{#1}{\textsf{#2}}}


%
% Document
%
\begin{document}

\begin{frame}[plain, fragile, noframenumbering]{}
  \vspace{5mm}
  \titlepage

  \vfill{}
  \vspace{-12mm}
  \begin{center}
    \includegraphics[width=0.2\paperwidth]{static/Guix-white}

    \vspace{-10mm}
    \href{https://hpc.guix.info}{\texttt{https://hpc.guix.info}}
  \end{center}
  \vfill{}
  \normalsize
  \begin{minipage}{0.2\paperwidth}
    \vspace{-7mm}
    %\includegraphics[width=0.2\paperwidth]{static/LOGO-JRES-2022}
  \end{minipage}
  \begin{flushright}
    \begin{minipage}{0.2\paperwidth}
      \vspace{-20mm}
      \includegraphics[width=0.2\paperwidth]{static/u-paris}
    \end{minipage}
  \end{flushright}
\end{frame}



\thisslide{why}
\begin{frame}<presentation>[label=why, fragile, plain, noframenumbering]{Pourquoi j'en suis venu à GNU Guix}
  \begin{alertblock}{\(\approx\) 2010 \textbf{Thésard}}
    Développement d'1-2 outils utilisant un gestionnaire de paquets
    \uline{classique}

    \hfill (Simulation numérique \texttt{C} et \texttt{Fortran} avec Debian / Ubuntu /
    \texttt{apt})
  \end{alertblock}

  \begin{exampleblock}{\(\approx\) 2014 \textbf{Post-doc}}
    Développement de 2-3 outils utilisant un gestionnaire de paquets sans
    droit administrateur

    \hfill (Simulation numérique \texttt{Python} et \texttt{C++} avec \texttt{conda})
  \end{exampleblock}

  \begin{block}{2016 \textbf{Ingénieur. de Recherche}}
    \begin{itemize}
    \item Administration d'un \emph{cluster} (\texttt{modulefiles})
    \item Utilisation de 10+ outils pour un même projet
    \end{itemize}

    \hfill (Analyse «~bioinformatique~»)
  \end{block}

  \begin{center}
    \textbf{Question : \alert{pourquoi cela fonctionne-t-il pour Alice et pas pour Bob ? Et vice-versa.}}
  \end{center}
\end{frame}


%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%


%
% Intro
%
\section{Introduction}



\begin{frame}[fragile]{Le monde est \emph{open}, n'est-ce pas ?}

  \begin{itemize}
  \item \emph{open} journal
  \item \emph{open} data
  \item \emph{open} source
  \item \emph{open} science
  \item \emph{open} etc.
  \end{itemize}

  \begin{exampleblock}{}
    \begin{center}
      Quel est le problème de reproductibilité dans un contexte scientifique ?

      (même si tout devient \emph{open})
    \end{center}
  \end{exampleblock}

  \begin{center}
    « ordinateur » : traitement automatique de données
    \uncover<2->{
      $\Longrightarrow$ \red{environnement computationnel}
    }
  \end{center}

  \uncover<2->{
  \begin{alertblock}{}
    \begin{center}
      Quel contrôle de l’{environnement computationnel} ?
    \end{center}
  \end{alertblock}
}

\end{frame}



\begin{frame}[fragile]{Exemple d’un calcul}
  \begin{lstlisting}[language=C, caption={Fonction $J_0$ de Bessel}, captionpos=t]{Name=open-source}
    #include <stdio.h>
    #include <math.h>

    int main(){
      printf("%E\n", j0f(0x1.33d152p+1f));
    }
  \end{lstlisting}

  \begin{center}
    \begin{tabular}{lcl}
      Alice &voit :& 5.\blue{64}34\blue{4}0E-08 % #no ptions
      \\
      Carole &voit :& 5.\red{96}34\red{3}0E-08 % -lm -fno-builtin
    \end{tabular}
  \end{center}

  \begin{alertblock}{}
    \begin{center}
      Pourquoi ? Le code est disponible pourtant.
    \end{center}
  \end{alertblock}

  \small{%
    Établir si le différence est significative ou non est laissé à l'expertise
    des scientifiques du domaine.
  }
\end{frame}



\begin{frame}[fragile]{Quelques questions sur ce calcul}
  \begin{lstlisting}[basicstyle=\tiny, language=C]{Name=open-source}
    #include <stdio.h>
    #include <math.h>

    int main(){
      printf("%E\n", j0f(0x1.33d152p+1f));
    }
  \end{lstlisting}

  \begin{center}
    \begin{tabular}{lcl}
      Alice &voit :& 5.\blue{64}34\blue{4}0E-08 % #no options
      \\
      Carole &voit :& 5.\red{96}34\red{3}0E-08 % -lm -fno-builtin
    \end{tabular}
  \end{center}

  \begin{exampleblock}{}
    \begin{itemize}
    \item Quel compilateur ?
    \item Quelles bibliothèques (\texttt{<math.h>}) ?
    \item Quelles versions ?
    \item Quelles options de compilation ?
    \end{itemize}
  \end{exampleblock}
\end{frame}


\begin{frame}[fragile,label=p4]{En d’autres termes}
  \begin{itemize}
  \item Quelles sont les sources des outils ?
  \item Quelles sont les outils requis pour la construction ?
  \item Quelles sont les outils requis pour l’exécution ?
  \item Comment chaque outil est-il produit  ?
  \end{itemize}

  \begin{exampleblock}{}
    \begin{center}
      Répondre à ces questions signifie \textbf{contrôler la variabilité} de
      l’environnement computationnel
    \end{center}
  \end{exampleblock}

  \vfill

  \begin{alertblock}{}
    \begin{center}
      Comment capturer ces informations ?
    \end{center}
  \end{alertblock}
  (Réponse usuelle :Gestionnaire de paquets (Conda, APT, Brew, \dots) ;
  \emph{Modulefiles} ; Conteneur ; etc.)
\end{frame}



\begin{frame}[fragile]{Options de constructions (compilation)}
  \begin{lstlisting}[basicstyle=\tiny, language=C]{Name=open-source}
    #include <stdio.h>
    #include <math.h>

    int main(){
      printf("%E\n", j0f(0x1.33d152p+1f));
    }
  \end{lstlisting}

  \vfill

  \begin{exampleblock}{}
    \begin{center}
      \begin{tabular}{rlll}
        \blue{\texttt{alice@laptop\$}} & \texttt{gcc bessel.c}
        && \texttt{\&\& ./a.out}
        \\
                                       & \texttt{5.643440E-08}
        \\
        \red{\texttt{carole@desktop\$}} & \texttt{gcc bessel.c}
        & \texttt{\mauve{-lm -fno-builtin}}
                                       & \texttt{\&\& ./a.out}
        \\
                                       & \texttt{5.963430E-08}
      \end{tabular}
    \end{center}
  \end{exampleblock}

  \begin{flushright}
    \small{(Ah, sacré \emph{constant folding})}
  \end{flushright}

  \begin{alertblock}{}
    \begin{center}
      Alice et Carole ont fait leur calcul dans deux environnements
      computationnels différents
    \end{center}
  \end{alertblock}

\end{frame}



\begin{frame}[fragile]{Enjeu de la reproductibilité en recherche
    \hfill
    \small{\emph{analyse post-mortem du bétail}}}
  \begin{exampleblock}{D'un point de vue la « méthode scientifique » :}
  \begin{center}
    {Tout l'enjeu est le \uline{\textbf{contrôle de la variabilité}}}
  \end{center}
  \end{exampleblock}

  \vfill

  \begin{exampleblock}{D'un point de vue du « savoir scientifique » (caractère
      universel) :}
    \begin{itemize}
    \item Un observateur indépendant doit être capable d'observer le même
      résultat.
    \item L'observation doit être pérenne (dans une certaine mesure).
    \end{itemize}
  \end{exampleblock}

  \vfill

  \begin{alertblock}{}
    Dans un monde où (presque) tout est donnée numérique (\emph{data}),
    \begin{center}
      \textbf{comment refaire plus tard et là-bas ce qui a été fait aujourd’hui et ici ?}
    \end{center}
    \begin{flushright}
      (sous entendu avec un « ordinateur »)
    \end{flushright}
  \end{alertblock}
\end{frame}



%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

\begin{frame}<presentation>[plain, noframenumbering]{Ce que nous allons aborder}
  \begin{center}
    \begin{minipage}{0.7\textwidth}
      \begin{itemize}
      \item Comment refaire demain là-bas ce que l'on a fait hier ici ?
      \item Quelle granularité sur la transparence ?
      \end{itemize}
    \end{minipage}
  \end{center}

  \setcounter{tocdepth}{2}
  \tableofcontents
\end{frame}


\subsection{Pourquoi seriez-vous intéressé par Guix ?}


\thisslide{start}
\begin{frame}<presentation>[label=start, fragile]{Pour fixer les idées}
  \begin{tabular}{rl}
    \rule[-0.3cm]{0cm}{0.3cm} Logiciel
    & code source ou programme \emph{binaire} associé
    \\
    \rule[-0.3cm]{0cm}{0.3cm} Paquet
    & recette pour configurer, construire, installer un logiciel
    \\
    \rule[-0.3cm]{0cm}{0.3cm} Dépendance
    & autre paquet nécessaire
    \\
    \rule[-0.6cm]{0cm}{0.6cm} Gestionnaire de paquets
    &
      \begin{minipage}{0.6\linewidth}
        automatisation du processus traitant la
        recette du paquet (et ses dépendances)
      \end{minipage}
    \\
    Environnement computationnel
    &
      \begin{minipage}{0.6\linewidth}
        pile de tous les logiciels nécessaires
        pour la configuration, construction et
        installation d'une collection de logiciels
      \end{minipage}
  \end{tabular}

  \begin{exampleblock}{}
    \begin{center}
      Comment Alice et ses collaborateurs peuvent-ils obtenir le même environnement \\
      pour \emph{calculer} avec Python et Numpy ?
    \end{center}
  \end{exampleblock}

  \begin{alertblock}{}
    \begin{center}
      Prés. avec un biais issu d’un environnement plus «~scientifique~» et moins «~ASR~»

      \textbf{\uline{mais} \red{Guix s’adapte à tous les cas d’usage}}
      \scriptsize{(ou presque)}
    \end{center}
  \end{alertblock}
\end{frame}



\thisslide{scenarii}
\begin{frame}<presentation>[label=scenarii, fragile]{Scenarii}
  \begin{itemize}
  \item Alice utilise \texttt{python@3.9} et \texttt{numpy@1.20.3}
    \vspace{-0.25cm}
    \begin{center}
      \begin{minipage}{0.75\linewidth}
        \begin{exampleblock}{}
\begin{verbatim}
$ sudo apt install python python-numpy
\end{verbatim}
        \end{exampleblock}
      \end{minipage}
    \end{center}
  \item Carole \textbf{collabore} avec Alice\ldots{}
    mais utilise \texttt{python3.8} et \texttt{numpy@1.16.5} pour un autre
    projet
    \vspace{-0.6cm}
    \begin{center}
      \begin{minipage}{0.75\linewidth}
        \begin{exampleblock}{}
\begin{verbatim}
$ apt-cache madison python-numpy
python-numpy | 1:1.16.5-2ubuntu7 | ...
\end{verbatim}
        \end{exampleblock}
      \end{minipage}
    \end{center}
  \item Charlie \textbf{mets à jour} son système et \textbf{tout est cassé}
    \vspace{-0.25cm}
    \begin{center}
      \begin{minipage}{0.75\linewidth}
        \begin{exampleblock}{}
\begin{verbatim}
$ sudo apt upgrade
The following packages have unmet dependencies:
E: Broken packages
\end{verbatim}
        \end{exampleblock}
      \end{minipage}
    \end{center}
  \item Bob utilise les \textbf{\alert{mêmes} versions} qu'Alice mais n'a
    \textbf{pas le \alert{même} résultat}
  \item Dan essaie de \textbf{rejouer plus tard} le scénario d'Alice
    mais rencontre l'\alert{enfer des dépendances}
    \begin{center}
      \begin{minipage}{0.75\linewidth}
        \href{http://repeatability.cs.arizona.edu}%
        {Repeatability in Computer Science (lien)}
      \end{minipage}
    \end{center}
  \end{itemize}
\end{frame}



\thisslide{solutions}
\begin{frame}<presentation>[label=solutions, fragile]{Solution(s)}
  \begin{enumerate}
  \item gestionnaire de paquets : APT (Debian/Ubuntu), YUM (RedHat), etc.
  \item gestionnaire d'environnements : Modulefiles, Conda, etc.
  \item conteneur : Docker, Singularity
  \end{enumerate}

  \begin{alertblock}{}
    \begin{center}
      Guix = \#1 + \#2 + \#3
    \end{center}
  \end{alertblock}

  \begin{description}
    \item[APT, Yum] Difficile de faire coexister plusieurs versions ou
      revenir en arrière ?
    \item[Modulefiles] Comment sont-ils maintenus ? (qui les utilise sur son
      \emph{laptop} ?)
    \item[Conda] Quelle granularité sur la transparence ? (qui sait comment a
      été produit PyTorch dans \texttt{pip install torch} ?
      \href{http://hpc.guix.info/blog/2021/09/whats-in-a-package/}%
      {\scriptsize{(lien)}})
      \item[Docker] Dockerfile basé sur APT, YUM etc.
        \begin{minipage}{1.0\linewidth}
        \begin{exampleblock}{}
\begin{verbatim}
RUN apt-get update && apt-get install
\end{verbatim}
        \end{exampleblock}
        \end{minipage}
    \end{description}
\end{frame}



\thisslide{steroide}
\begin{frame}<presentation>[label=steroide]{Guix est gestionnaire
    d’environnements sous \emph{stéroïde}}
  \begin{tabular}{lr}
    un \uline{\textbf{gestionnaire de paquets}}
    & (comme APT, Yum, etc.)
    \\
    \ \ transactionnel et déclaratif
    & (revenir en arrière, versions concurrentes)
    \\
    \ \ \ \ qui produit des \uline{\textbf{\emph{packs} distribuables}}
    & (conteneur Docker ou Singularity)
    \\
    \ \ \  \ \ \ qui génèrent des \textbf{\uline{\emph{machines virtuelles}} isolées}
    & (\emph{à la} Ansible ou Packer)
    \\
    \ \ \ \ \ \ \ \ sur lequel on construit une distribution Linux
    & (nous n'en parlerons pas)
    \\
    \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \dots et aussi une bibliothèque Scheme\dots
    & (nous n'en parlerons pas, non plus)
  \end{tabular}

  \begin{alertblock}{}
    Cette petite présentation est un rapide coup de projecteur sur :
    \begin{center}
      la gestion de paquets \emph{fonctionnelle}
      \quad \quad
      $\Rightarrow$ reproductibilité
    \end{center}
    \begin{center}
      \textbf{\alert{Ce que nous présentons fonctionne sur n'importe quelle
          distribution Linux}}
    \end{center}
  \end{alertblock}
  \begin{flushright}
    \small{%
      (Facile à essayer\dots)
    }
  \end{flushright}
\end{frame}



\begin{frame}<presentation>[fragile]{\emph{distro externe}}
  \begin{alertblock}{}
  \begin{center}
    Guix s’installe sur \textbf{\uline{n’importe quelle distribution}} Linux récente.
  \end{center}
  \end{alertblock}
  Il faut les droits administrateur (\texttt{root}) pour l’installation.

  \begin{exampleblock}{}
\begin{verbatim}
$ cd /tmp
$ wget https://git.savannah.gnu.org/cgit/guix.git/plain/etc/guix-install.sh
$ chmod +x guix-install.sh
$ sudo ./guix-install.sh
\end{verbatim}
  \end{exampleblock}

  \begin{center}
    (Quelques réglages supplémentaires, voir le manuel)
  \end{center}

  Pour commencer :
  \begin{center}
    \begin{minipage}{0.75\linewidth}
\begin{verbatim}
$ guix help
\end{verbatim}
    \end{minipage}
  \end{center}
\end{frame}



\begin{frame}<presentation>[plain,fragile,noframenumbering]{}

  \vfill{}
  \begin{center}
    \textbf{Comment faire la gestion de paquets ?}
  \end{center}

  \vfill{}
  \begin{flushright}
    (Exemple : Alice sans privilège particulier)
  \end{flushright}

  \vfill{}
  \begin{minipage}{0.57\linewidth}
    \begin{alertblock}{}
      \begin{itemize}
      \item Démos avec des outils du «~\emph{monde scientifique}~»
      \item Guix représente 20k+ paquets
        \scriptsize{(constante progression)}\normalsize{}
      \item Cela serait identique pour d'autres outils\\
        \hfill{} comme Nginx, LDAP, SSH, etc.
      \end{itemize}
    \end{alertblock}
  \end{minipage}
\end{frame}



\section{Gestion de paquets}
\subsection*{Utilisation de \texttt{guix package}}


\begin{frame}<presentation>[fragile]{Commandes basiques}
  \begin{center}
    Exemple : outils scientifiques classiques en Python
  \end{center}

  \bigskip

  \begin{center}
    (\texttt{demo/getting-started})
  \end{center}

  \vfill
  \href{https://replay.jres.org/w/3TuYmocHwKtzs7q1VtL1GB}{(voir vidéo JRES)}

\end{frame}



\thisslide{cli-basic}
\begin{frame}<presentation>[label=cli-basic, fragile]{Commandes basiques : Résumé}
  \begin{exampleblock}{}
    \begin{verbatim}
guix search dynamically-typed programming language # 1.
guix show    python                                # 2.
guix install python                                # 3.
guix install python-ipython python-numpy           # 4.
guix remove  python-ipython                        # 5.
guix install python-matplotlib python-scipy        # 6.
\end{verbatim}
  \end{exampleblock}

  \begin{center}
    alias de \texttt{guix package}, p. ex. \verb+guix package --install+
  \end{center}

  \begin{alertblock}{Transactionnel}
\begin{verbatim}
guix package --install python                                    # 3.
guix package --install python-ipython python-numpy               # 4.
guix package -r python-ipython -i python-matplotlib python-scipy # 5. & 6.
\end{verbatim}
  \end{alertblock}
\end{frame}



\thisslide{pkg-man}
\begin{frame}<presentation>[label=pkg-man]{Guix, un gestionnaire de paquets comme les autres ?}
  \begin{alertblock}{}
    \begin{itemize}
    \item Interface \emph{ligne de commande} comme les autres gestionnaires de
      paquets
    \item Installation/suppression sans privilège particulier
    \item Transactionnel (= pas d'état «~\emph{cassé}~»)
    \item \emph{Substituts} binaires (téléchargement d'éléments pré-construits)
    \end{itemize}
  \end{alertblock}
  \begin{center}
    \textbf{Trois fonctionnalités puissantes :}
  \end{center}

  \begin{exampleblock}{}
    \begin{itemize}
    \item Les \emph{profils} et leur composition
    \item Gestion déclarative
    \item Environnement isolé à la volée
    \end{itemize}
  \end{exampleblock}
\end{frame}


\subsection*{Gestion de \emph{profil}}
\label{sec:profil}


\thisslide{profil-default}
\begin{frame}<presentation>[label=profil-default, fragile]{Le \emph{profil} par défaut}
  Les commandes d’installation précédentes finissent avec le conseil :
  \begin{exampleblock}{}
\begin{verbatim}
hint: Consider setting the necessary environment variables by running:

     GUIX_PROFILE="/home/alice/.guix-profile"
     . "$GUIX_PROFILE/etc/profile"

Alternately, see `guix package --search-paths -p "$HOME/.guix-profile"'.
\end{verbatim}
  \end{exampleblock}

  \begin{alertblock}{}
    \begin{center}
      \texttt{\$HOME/.guix-profile} est le \emph{profil} par défaut
    \end{center}
  \end{alertblock}
\end{frame}



\thisslide{profil}
\begin{frame}<presentation>[label=profil, fragile]{Mais qu'est-ce un \emph{profil} ?}
  \begin{center}
    Filesystem Hierarchy Standard (FHS) = norme de la hiérarchie des systèmes
    de fichiers

    \medskip

    (définit l'arborescence et contenu des répertoires systèmes pour les systèmes Unix)
  \end{center}

  \begin{exampleblock}{}
    \begin{Verbatim}
      usr
      |-- bin       Binaires exécutables
      |-- etc       Fichiers de configuration
      |-- include   Entêtes des bibliothèques partagées
      |-- lib       Bibliothèques partagées
      |-- share     Documentation entre autres
    \end{Verbatim}
  \end{exampleblock}

  \begin{center} % XXXX: demo ?
    \verb+ls $HOME/.guix-profile+
  \end{center}

  \begin{alertblock}{}
    \begin{center}
      Un \emph{profil} est un répertoire contenant les paquets installés
    \end{center}
  \end{alertblock}
\end{frame}



\thisslide{profil2}
\begin{frame}<presentation>[label=profil2, fragile]{Exemples de fonctionnalités des \emph{profils}}

  \begin{alertblock}{}
    \begin{itemize}
    \item Historique des paquets installés / supprimés (\verb+--list-generations+)
    \item Retour en arrière (\verb+--roll-back+ or \verb+--switch-generations+)
    \end{itemize}
  \end{alertblock}

  \begin{center}
    (\texttt{demo/generations})
  \end{center}

  \begin{alertblock}{}
    \begin{itemize}
    \item Profils indépendants
    \item Contrôle fin des variables d'environnement (\verb+--search-paths+)
    \item Composition
    \end{itemize}
  \end{alertblock}

  \begin{center}
    (\texttt{demo/multi-profiles})
  \end{center}
\end{frame}



\thisslide{profil3}
\begin{frame}<presentation>[label=profil3, fragile]{\emph{Profil}, en résumé}
  Les paquets sont installés dans un \emph{profil} qui est :
  $\left. \text{\parbox{0.55\linewidth}{
        \begin{itemize}
        \item un lien symbolique,
        \item pointant vers un élément du dépôt (\emph{store}),
        \end{itemize}
      }} \only<1|article:1>{\right.}\only<2-|article:0>{\right\}} $
  \only<2-|article:0>{%
  \hfill
  \begin{minipage}{0.3\linewidth}
    \begin{alertblock}{Dépôt (\emph{store})}
      \begin{itemize}
      \item Monté à \texttt{/gnu/store}
      \item Dédupliqué
      \end{itemize}
    \end{alertblock}
  \end{minipage}
  }
  $\left. \text{\parbox{1.0\linewidth}{
  \begin{itemize}
  \item et les éléments ont une structure hiérarchique type FHS (comme \texttt{/usr/}).
  \end{itemize}
  }} \right.$

  \begin{exampleblock}{}
    \begin{center}
      On peut créer autant de profils que l’on souhaite
    \end{center}
  \end{exampleblock}

  \vfill

  \begin{alertblock}{}
    \begin{center}
      \textbf{Toutes les options de \texttt{guix package} s’appliquent à n’importe quel profil}
    \end{center}
  \end{alertblock}

  \vfill

  \begin{center}
    \texttt{guix install python python-numpy -{}-profile=outils-python}
  \end{center}

\end{frame}


\subsection*{Gestion déclarative}


\thisslide{declarative}
\begin{frame}<presentation>[label=declarative, fragile]{Gestion déclarative}
  \vspace{-0.3cm}
  \begin{center}
    déclaratif = fichier de configuration
  \end{center}

  \begin{exampleblock}{%
      Un fichier \texttt{some-python.scm} peut contenir cette déclaration :%
    }
    \lstinputlisting[language=Scheme,columns=space-flexible]{example/some-python.scm}
  \end{exampleblock}

  \begin{center}
    \verb+guix package --manifest=some-python.scm+
  \end{center}
  équivalent à
  \begin{center}
    \verb+guix install python python-matplotlib python-numpy python-scipy+
  \end{center}
\end{frame}



\thisslide{declarative2}
\begin{frame}<presentation>[label=declarative2, fragile]{Gestion \emph{déclarative} : remarques}
  \begin{description}
  \item[Version ?] Nous le verrons dans la suite
    \medskip
  \item[Langage ?] \emph{Domain-Specific Language} (DSL) basé sur
    \href{https://fr.wikipedia.org/wiki/Scheme}%
    {Scheme}
    \href{https://fr.wikipedia.org/wiki/Lisp}%
    {(«~langage fonctionnel Lisp~»)}%
    \medskip
    \begin{itemize}
    \item \verb+(Oui (quand (= Lisp parenthèses) (baroque)))+
      \medskip
    \item Mais \uline{\textbf{continuum}} :
      \begin{enumerate}
      \item configuration (\texttt{manifest})
      \item définition des paquets (ou services)
      \item extension
      \item le c\oe ur est écrit aussi en Scheme
      \end{enumerate}
    \end{itemize}
  \end{description}
  \begin{alertblock}{}
    \begin{center}
      Guix est \textbf{adaptable} à ses besoins
    \end{center}
  \end{alertblock}

  \vfill

  \footnotesize{%
    \href{https://fr.wikipedia.org/wiki/Programmation_déclarative}{Déclaratif}
    vs
    \href{https://fr.wikipedia.org/wiki/Programmation_impérative}{Impératif}
  } \hfill \scriptsize{%
    (%
    et non pas
    % \hfill
    Donnée inerte vs Programme%
    )
  }

  \footnotesize{%
    Programmation déclarative = programmation fonctionnelle ou descriptive (\LaTeX) ou logique (Prolog)
  }
\end{frame}



\thisslide{trans-declarative}
\begin{frame}<presentation>[label=trans-declarative, fragile]{Gestion déclarative : exemple de transformation
    \small{%
    (\href{https://fr.wikipedia.org/wiki/Machine_de_Rube_Goldberg}%
    {machine de \smiley{Goldberg} \tiny{(lien)}})}} % \ddot\smile
  \vspace{-0.3cm}
  \begin{exampleblock}{}
    \lstinputlisting[language=Scheme,columns=space-flexible]{example/some-python-bis.scm}
  \end{exampleblock}
  Guix DSL, \somevariable{\emph{variables}}, \someguile{Scheme} et \somestring{chaîne de caractères}.
\end{frame}



\thisslide{transformation}
\begin{frame}<presentation>[label=transformation, fragile]{Transformations de paquet : survol}
    \begin{exampleblock}{}
    \begin{center}
      Comment utiliser GCC@7 pour compiler le paquet \texttt{python} ?
    \end{center}
  \end{exampleblock}

  \begin{center}
    Un paquet = recette pour configurer, construire, installer un logiciel

    \medskip

    (\texttt{./configure \&\& make \&\& make install})
  \end{center}
  La recette définit :
  \begin{itemize}
  \item un \blue{code source} et potentiellement des modifications \emph{ad-hoc} (\verb+patch+)
  \item des \magenta{outils de construction} (compilateurs, moteur de
    production etc., p. ex. \verb+gcc+, \verb+cmake+)
  \item des \violet{dépendances}
  \end{itemize}

  \begin{alertblock}{}
    \begin{center}
      Une transformation permet de les réécrire
    \end{center}
  \end{alertblock}
\end{frame}



\thisslide{cli-trans}
\begin{frame}<presentation>[label=cli-trans, fragile]{Transformations : ligne de commande}
  \begin{exampleblock}{}
    \begin{center}
      \verb+guix package --help-transformations+
    \end{center}
  \end{exampleblock}
\begin{Verbatim}[commandchars=\\\{\}]
\blue{--with-source      use SOURCE when building the corresponding package}
\blue{--with-branch      build PACKAGE from the latest commit of BRANCH}
\blue{--with-commit      build PACKAGE from COMMIT}
\blue{--with-git--url    build PACKAGE from the repository at URL}
\blue{--with-patch       add FILE to the list of patches of PACKAGE}
\blue{--with-latest      use the latest upstream release of PACKAGE}
\magenta{--with-c-toolchain build PACKAGE and its dependents with TOOLCHAIN}
\magenta{--with-debug-info  build PACKAGE and preserve its debug info}
\magenta{--without-tests    build PACKAGE without running its tests}
\violet{--with-input       replace dependency PACKAGE by REPLACEMENT}
\violet{--with-graft       graft REPLACEMENT on packages that refer to PACKAGE}
\end{Verbatim}
\end{frame}



\thisslide{trans-manif}
\begin{frame}<presentation>[label=trans-manif, fragile]{Transformations via fichier manifeste}
  \vspace{-0.3cm}
  \begin{exampleblock}{}
    \lstinputlisting[language=Scheme,columns=space-flexible]{example/some-python-with-gcc7.scm}
  \end{exampleblock}
\end{frame}


\subsection*{Environnement isolé à la volée}


\begin{frame}<presentation>[fragile]{Profils temporaires}
    \begin{center}
    Exemple : ajouter temporairement \texttt{IPython}
  \end{center}

  \bigskip

  \begin{center}
    (\texttt{demo/shell-ipython})
  \end{center}
\end{frame}


\thisslide{shell}
\begin{frame}<presentation>[label=shell,fragile]{Étendre temporairement un \emph{profil}}
  \begin{exampleblock}{}
\begin{verbatim}
guix shell -m manifest.scm
guix shell -m manifest.scm python-ipython -- ipython3
\end{verbatim}
  \end{exampleblock}

  \begin{alertblock}{}
    \begin{tabular}{lcl}
      \red{$\blacktriangleright$} \verb+--pure+ &:& réinitialise des variables
                                                    d’environnement existantes
      \\
      \red{$\blacktriangleright$} \verb+--container+ &:& lance un conteneur isolé
      \\
      \red{$\blacktriangleright$} \verb+--development+ &:& inclus les dépendances du paquet
    \end{tabular}
  \end{alertblock}

  \begin{exampleblock}{}
\begin{verbatim}
guix shell -m some-python.scm python-ipython             # 1.
guix shell -m some-python.scm python-ipython --pure      # 2.
guix shell -m some-python.scm python-ipython --container # 3.
\end{verbatim}
  \end{exampleblock}

  \begin{center}
    Bonus : \verb+guix shell emacs git git:send-email --development guix+
  \end{center}
\end{frame}



\begin{frame}<presentation>[plain,fragile,noframenumbering]{}
  À ce stade, il semble naturel de vouloir \uline{partager ou construire des conteneurs isolés}.

  \vfill{}
  \begin{center}
    \textbf{Comment créer des images ?}
  \end{center}
  \vfill{}
  \begin{flushright}
    (Exemple : Alice sans privilège particulier)
  \end{flushright}
\end{frame}



\section{Création d'images}
\subsection*{Création d’un \emph{pack}}



\thisslide{conteneur}
\begin{frame}<presentation>[label=conteneur,fragile]{Comment capturer un environnement ? Conteneur}
  \begin{center}
    Conteneur = \smiley{smoothie}
  \end{center}

  \begin{itemize}
  \item Comment est construit le conteneur ? Dockerfile ?
  \item Comment sont construits les binaires inclus dans le conteneur ?
  \end{itemize}

  \begin{exampleblock}{}
\begin{verbatim}
FROM amd64/debian:stretch
RUN apt-get update && apt-get install git make curl gcc g++ ...
RUN curl -L -O https://... && ... && make -j 4 && ...
RUN git clone https://... && ... && make ... /usr/local/lib/libopenblas.a ...
\end{verbatim}
    \begin{center}
      \href{https://gitlab.onelab.info/gmsh/gmsh/-/blob/c7544ec812982dbe15e105059983f1b0c3896536/utils/docker/Dockerfile.debian.stretch.64bit}%
      {source (lien) : Gmsh~}%
      \href{http://gmsh.info/}%
      {A three-dimensional finite element mesh generator (lien)}
    \end{center}
  \end{exampleblock}

  \begin{alertblock}{}
    \begin{center}
      Avec un Dockerfile au temps t, comment regénérer l'image au temps t’ ?
    \end{center}
  \end{alertblock}
\end{frame}



\thisslide{pack}
\begin{frame}<presentation>[label=pack, fragile]{Qu’est-ce qu’un \emph{pack} ?}
  \begin{center}
    \emph{pack} = collection de paquets dans un format d’archive
  \end{center}

  Quel est le but d’un \emph{pack} ?
  \begin{itemize}
  \item Alice  distribue «~tout~» à Carole,
  \item Carole n’a pas installé Guix mais aura l’exact même environnement.
  \end{itemize}

  \begin{exampleblock}{Qu’est-ce qu’un format d’archive ?}
    \begin{itemize}
    \item \texttt{tar} (\emph{tarballs})
    \item Docker
    \item Singularity
    \item paquet binaire Debian \texttt{.deb}
    \end{itemize}
  \end{exampleblock}
\end{frame}



\thisslide{tout}
\begin{frame}<presentation>[label=tout, fragile]{Qu'est-ce que «~tout~» ?}
  \begin{center}
    Carole a besoin de la \emph{clôture transitive} (= toutes les dépendances)
  \end{center}
  \begin{exampleblock}{}
\begin{verbatim}
$ guix size python-numpy --sort=closure
store item             total    self
python-numpy-1.20.3    301.5    23.6   7.8%
...
python-3.9.9           155.3    63.7  21.1%
openblas-0.3.18        152.8    40.0  13.3%
...
total: 301.5 MiB
\end{verbatim}
  \end{exampleblock}

  \begin{alertblock}{}
    \begin{center}
      \texttt{guix pack} permet de créer cette archive contenant «~tout~»
    \end{center}
  \end{alertblock}
\end{frame}



\thisslide{pack2}
\begin{frame}<presentation>[label=pack2, fragile]{Création d’un \emph{pack}
    pour le distribuer}

  \begin{itemize}
  \item Alice construit un \emph{pack} au format Docker
    \begin{exampleblock}{}
      \begin{center}
        \verb+guix pack --format=docker -m manifest.scm+
      \end{center}
    \end{exampleblock}
    puis distribue ce conteneur Docker (via un \emph{registry} ou autre).

  \item Carole n'utilise pas \small{(encore?)}\normalsize{} Guix
    \begin{exampleblock}{}
\begin{verbatim}
$ docker run -ti projet-alice python3
Python 3.9.9 (main, Jan  1 1970, 00:00:01)
[GCC 10.3.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>>
\end{verbatim}
    \end{exampleblock}
    et utilise l'exact même environnement computationnel qu'Alice.
  \end{itemize}
\end{frame}



\thisslide{pack3}
\begin{frame}<presentation>[label=pack3, fragile]{Au final, \texttt{guix pack}, c’est\dots}

  \begin{center}
    \emph{Agnostique} sur le format du «~conteneur~»
  \end{center}

  \begin{tabular}{cc}
    \begin{minipage}{0.4\linewidth}
      \begin{exampleblock}{}
        \begin{itemize}
        \item \texttt{tar} (\emph{tarballs})
        \item Docker
        \item Singularity
        \item paquet binaire Debian \texttt{.deb}
        \end{itemize}
      \end{exampleblock}
    \end{minipage}
    &
      \begin{minipage}{0.5\linewidth}
        \begin{alertblock}{}
          \begin{itemize}
          \item archives repositionnables
          \item sans \texttt{Dockerfile}
          \item via \texttt{squashfs}
          \item sans \texttt{debian/rule} (expérimental)
          \end{itemize}
        \end{alertblock}
      \end{minipage}
  \end{tabular}

  \bigskip

  \begin{center}
    \textbf{Adaptable aux cas d’usage}
  \end{center}
\end{frame}



\subsection*{Création d'une machine virtuelle}


\thisslide{image}
\begin{frame}<presentation>[label=image, fragile]{Création d’une image avec
    \texttt{guix system} : un monde de services}

  \begin{alertblock}{}
    \begin{center}
      \texttt{guix system} permet une
      \uline{\textbf{configuration déclarative} d'un \emph{système}}
    \end{center}
  \end{alertblock}

  \begin{itemize}
  \item \texttt{guix system search} pour trouver les services disponibles
  \item \texttt{guix system image} pour construire une image de type :
    \begin{itemize}
    \item qcow2
    \item docker
    \item iso9660, uncompressed-iso9660, efi-raw, raw-with-offset
    \item rock64-raw, pinebook-pro-raw, pine64-raw, novena-raw
    \item hurd-raw, hurd-qcow2
    \end{itemize}
  \item
    \begin{minipage}{1.0\linewidth}
      \begin{exampleblock}{}
        \texttt{guix system vm} pour construire une machine virtuelle (VM)
        \begin{center}
          (la VM partage son dépôt avec le système hôte)
        \end{center}
      \end{exampleblock}
    \end{minipage}
  \end{itemize}
\end{frame}



\thisslide{image4}
\begin{frame}<presentation>[label=image4, fragile]{Machines virtuelles avec Guix}

  % \begin{center}
  %   (\texttt{demo/vm})
  % \end{center}

  \begin{alertblock}{}
    \begin{itemize}
    \item Gestion déclarative
    \item Réutilisation via des patrons (\emph{template})
    \end{itemize}
  \end{alertblock}

\end{frame}



\begin{frame}<presentation>[plain,fragile,noframenumbering]{}
  Très bien tout cela, mais en quoi est-ce \uline{reproductible} ?

  \vfill{}
  \begin{center}
    \textbf{Parlons de versions !}
  \end{center}
  \vfill{}
  \begin{flushright}
    (Exemple : Carole collabore avec Alice)
  \end{flushright}
\end{frame}



\section{Une histoire de versions}
\subsection{Version ?  Graphe ?}



\thisslide{version}
\begin{frame}<presentation>[label=version, fragile]{Quelle est ma version de Guix ?}
  % \vspace{-0.25cm}
  \begin{exampleblock}{}
\begin{verbatim}
$ guix describe
Generation 76	Apr 25 2022 12:44:37	(current)
  guix eb34ff1
    repository URL: https://git.savannah.gnu.org/git/guix.git
    branch: master
    commit: eb34ff16cc9038880e87e1a58a93331fca37ad92

$ guix --version
guix (GNU Guix) eb34ff16cc9038880e87e1a58a93331fca37ad92
\end{verbatim}
  \end{exampleblock}

  % \vspace{-0.175cm}
  \begin{alertblock}{}
    \begin{center}
      Un état fixe toute la collection des paquets et de Guix lui-même
    \end{center}
  \end{alertblock}

  (Un état peut contenir plusieurs canaux (\emph{channel} = dépôt Git),\\
  \hfill avec des URL, branches ou commits divers et variés)

%   \vspace{-0.175cm}
% \begin{verbatim}
% $ guix package --list-available=^python | head -2
% python              	3.9.9    out,tk,idle	gnu/packages/python.scm:431:2
% python-absl-py      	0.6.1    out        	gnu/packages/python-xyz.scm:23415:2
% \end{verbatim}
\end{frame}


\begin{frame}[fragile]{Alice dit « GCC à la version 11.2.0 »}
  \vspace{-0.1cm}
  \includegraphics[width=\textwidth]{static/graph.png}
  \vfill{}
  \begin{alertblock}{}
    \begin{center}
      Est-ce la même version de GCC si \texttt{mpfr} est à la version 4.0 ?
    \end{center}
  \end{alertblock}
  \vfill
  \begin{flushright}
    Graphe complet : 43 ou 104 ou 125 ou 218 n\oe uds

    \small
    (suivant ce que l’on considère comme graine binaire du \emph{bootstrap})
  \end{flushright}
\end{frame}



\thisslide{dag}
\begin{frame}<presentation>[label=dag, fragile]{État = Graphe Acyclique Dirigé (\emph{DAG})}
  \vspace{-0.5cm}
  \begin{center}
    \texttt{guix graph -{}-max-depth=6 python | dot -Tpng > graph-python.png}
  \end{center}

  \vfill{}
  \includegraphics[width=\textwidth]{static/graph-python.png}
  \vfill{}

  Graphe complet : Python = 137 n\oe uds, Numpy = 189, Matplotlib = 915, Scipy
  = 1439 n\oe uds
% graph python-scipy -t bag | grep label | cut -f2 -d'[' | sort | uniq | wc -l
\end{frame}


\begin{frame}[fragile]{Révision = un graphe spécifique}
  \begin{alertblock}{}
    \begin{center}
      une version = un graphe
    \end{center}
  \end{alertblock}

\begin{verbatim}
$ guix describe
Generation 76	Apr 25 2022 12:44:37	(current)
  guix eb34ff1
    repository URL: https://git.savannah.gnu.org/git/guix.git
    branch: master
    commit: eb34ff16cc9038880e87e1a58a93331fca37ad92
\end{verbatim}

  \begin{alertblock}{}
    \begin{center}
      La révision \texttt{eb34ff1} capture \textbf{tout} le graphe
    \end{center}
  \end{alertblock}

  \begin{exampleblock}{}
    \begin{itemize}
    \item Alice dit « j’ai utilisé Guix à la révision \texttt{eb34ff1} »
    \item Carole connaît toutes les informations pour reproduire le même environnement
    \end{itemize}
  \end{exampleblock}
\end{frame}



\subsection{Définir un paquet}


\thisslide{def-pkg}
\begin{frame}<presentation>[label=def-pkg, fragile]{Définition d’un paquet (n\oe ud du graphe)}
  \vspace{-0.3cm}
  \begin{exampleblock}{}
    \lstinputlisting[language=Scheme,columns=space-flexible]{example/mock-define-python.scm}
  \end{exampleblock}

  \vspace{-0.2cm}
  \begin{alertblock}{}
    \begin{itemize}
    \item Chaque \texttt{inputs} est une définition similaire
      \hfill (récursion $\rightarrow$ graphe)
    \item Il n’y a pas de cycle
      \hfill (\texttt{bzip2} ou ses \texttt{inputs} ne peuvent pas utiliser \texttt{python})
    \end{itemize}
  \end{alertblock}

  \vspace{-0.25cm}
  \begin{center}
    \small{%
    (Quel commencement du graphe ?  Problème du \emph{bootstrap} dont nous ne
    parlerons pas ici)
    }\normalsize
  \end{center}
\end{frame}


\begin{frame}[fragile]{Gestionnaire de paquets = gestionnaire de graphe}
  \vspace{-0.1cm}
  \begin{alertblock}{}
    \begin{center}
      Comment capturer les informations du transparent \ref{p4}?
    \end{center}
  \end{alertblock}

    \begin{itemize}
    \item Quelles sont les sources des outils ?
      \hfill \texttt{source}
  \item \tikzmark{A}{Quelles sont les outils requis pour la construction ?}
  \item \tikzmark{B}{Quelles sont les outils requis pour l’exécution ?}
  \item Comment chaque outil est-il produit  ?
    \hfill \texttt{build-system}, \texttt{arguments}
  \end{itemize}
  \tikzbrace{A}{B}{\texttt{inputs}, \texttt{propagated-}, \texttt{native-inputs}}

  \vspace{-0.5cm}
  \begin{exampleblock}{}
    \vspace{-0.3cm}
    \lstinputlisting[language=Scheme,columns=space-flexible]{example/mock-define-pkg.scm}
  \end{exampleblock}
\end{frame}



\subsection{Changer d'état}


\thisslide{pull}
\begin{frame}<presentation>[label=pull, fragile]{Concrètement, en pratique ?}

  \begin{alertblock}{}
    \begin{center}
      une version = un graphe
    \end{center}
  \end{alertblock}

  \begin{center}
    Mise à jour de Guix

    \texttt{guix pull}

    (création d'une nouvelle \emph{génération} interne)
  \end{center}

  \begin{itemize}
  \item Il est possible de \uline{spécifier un \emph{état}} :
    \begin{exampleblock}{}
      \begin{center}
        \begin{tabular}{rl}
          \blue{\texttt{alice@laptop\$}} & \texttt{guix describe -{}-format=channels >
                                           alice-laptop.scm}
          \\
          \violet{\texttt{carole@desktop\$}} & \texttt{guix pull -{}-channels=alice-laptop.scm}
        \end{tabular}
      \end{center}
    \end{exampleblock}
  \item Il est possible de se placer \uline{\textbf{temporairement} dans un état spécifique}\\
    \hfill pour exécuter une commande (comme créer un profil)

    \begin{exampleblock}{}
      \begin{center}
        \texttt{guix time-machine -{}-commit=c61df1792c -{}- install python -p python/autres}
      \end{center}
    \end{exampleblock}
  \end{itemize}
\end{frame}



\begin{frame}[fragile]{Collaboration}
  \begin{description}
  \item[Alice] décrit son environnement :
    \begin{itemize}
    \item la révision (Guix lui-même et aussi potentiellement les autres canaux):
      \begin{center}
        \texttt{guix describe -f channels > alice.scm}
      \end{center}
    \item la liste des paquets avec le fichier \texttt{paquets.scm}
    \end{itemize}
    génère son environnement avec, e.g.,
    \begin{center}
      \texttt{guix shell -m paquets.scm}
    \end{center}
    et \uline{\textbf{partage ses deux fichiers}}.
  \item[Carole] génère le même environnement \uline{\textbf{à partir des deux fichiers}} d’Alice,
    \begin{center}
      \texttt{guix time-machine -C alice.scm -{}- shell -m paquets.scm}
    \end{center}
  \item[Dan] peut donc aussi avoir le même environnement qu’Alice et Carole.
  \end{description}
\end{frame}



\thisslide{time-machine}
\begin{frame}<presentation>[label=time-machine, fragile]{Reproductibilité en arrière, en avant :
    \texttt{guix time-machine}}

  \vspace{-1cm}
  \begin{center}
    \begin{tikzpicture}
      % draw horizontal line
      \draw[thick, -Triangle] (0,0) -- (12,0) node[font=\scriptsize,below left=3pt and -8pt]{time};

      \node[font=\scriptsize, text height=1.75ex, text depth=.5ex] at (0,-.3) {2018};

      % draw vertical lines
      \foreach \x in {1,...,11}
      \draw (\x cm,3pt) -- (\x cm,-3pt);

      \foreach \x/\descr in {3/Carole,6/Alice,8/Bob}
      \node[font=\scriptsize, text height=1.75ex, text depth=.5ex] at (\x,-.3) {$\descr$};

      \node[font=\scriptsize, text height=1.75ex, text depth=.5ex] (Carole) at (3,+.3)  {d7e57e};
      \node[font=\scriptsize, text height=1.75ex, text depth=.5ex] (Alice) at (6,+.3)  {eb34ff1};
      \node[font=\scriptsize, text height=1.75ex, text depth=.5ex] (Dan) at (8,+.3)  {3682bd};

      \draw[->] (Carole.north) to [out=50,in=150] (Alice.west);
      \draw[->] (Dan.north) to [out=100,in=50] (Alice.east);

      \draw[lightgray!0!red, line width=4pt] (2,-.6) -- +(8,0);
      \foreach \x/\percol in {1/75,9/75}
      \draw[lightgray!\percol!red, line width=4pt] (\x,-.6) -- +(1,0);

      \node[font=\scriptsize, text height=1.75ex, text depth=.5ex] at (11,-.3)  {$Dan$};
      \node[font=\scriptsize, text height=1.75ex, text depth=.5ex] (Dan) at (11,+.3)  {c99c3d};
      \draw[dashed,->] (Dan.north) to [out=40,in=90] (Alice.north);

    \end{tikzpicture}
  \end{center}

  \begin{exampleblock}{}
    Pour être \uline{reproductible dans le temps}, il faut :
    \begin{itemize}
    \item Une préservation de \textbf{tous} les codes source~%
      \small{%
        (\href{https://ngyro.com/pog-reports/latest/}%
        {$\approx 75\%$ archivés \tiny{(lien)}\small} dans~%
        \href{https://www.softwareheritage.org/}%
        {Software Heritage \tiny{(lien)}\small})%
      }\normalsize
    \item Une \emph{backward} compatibilité du noyau Linux
    \item Une compatibilité du \emph{hardware} (p. ex. CPU, disque dur \tiny{(NVMe)}\normalsize, etc.)
    \end{itemize}
  \end{exampleblock}

  \begin{alertblock}{}
    \begin{center}
      Quelle est la taille de la fenêtre temporelle avec les 3 conditions
      satisfaites ?
    \end{center}
  \end{alertblock}
  \begin{center}
    \scriptsize{(À ma connaissance, le projet Guix réalise une expérimentation
      grandeur nature et quasi-unique depuis sa v1.0 en 2019)}
  \end{center}
\end{frame}


\subsection{Préservation}


\begin{frame}[fragile]{Pourquoi les préserver ?}
  \vspace{-0.25cm}
  \begin{exampleblock}{}
    Parce que les \textbf{services en ligne parfois s’arrêtent}
    \begin{itemize}
    \item \href{https://code.google.com/archive/}{Google Code (lien)} début 2016
    \item Alioth (Debian) en 2018 remplacé par
      \href{https://salsa.debian.org/public}{Salsa}
    \item Gna! en 2017 après 13 années d’activité
    \item Gitourious en 2015 (le second plus populaire service
      d’hébergement pour Git en 2011)
    \item etc.
    \item<2-> \texttt{gforge.inria.fr}
      par exemple \href{https://issues.guix.gnu.org/42162}{Guix issue \#42162 (lien)}
\begin{verbatim}
Believe it or not, gforge.inria.fr was finally phased out on
Sept. 30th.  And believe it or not, despite all the work and all the
chat :-), we lost the source tarball of Scotch 6.1.1 for a short period
of time (I found a copy and uploaded it to berlin a couple of hours
ago).
\end{verbatim}
    \end{itemize}
  \end{exampleblock}
\end{frame}


\begin{frame}[fragile]{Comment les préserver ?}
  \begin{alertblock}{}
    \begin{center}
      Forge $\neq$ Archive
    \end{center}
  \end{alertblock}

  \begin{flushright}
    L'objectif d'une forge est de permettre à plusieurs développeurs de
    \textbf{participer ensemble au développement} d'un ou plusieurs logiciels,
    le plus souvent à travers le réseau Internet.

    \medskip

    \href{https://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Forge_(informatique)&oldid=192671997}%
    {https://fr.wikipedia.org/wiki/Forge\_(informatique)}
  \end{flushright}

  \vfill

  \begin{flushright}
    L'archivage est un ensemble d'actions qui a pour but de garantir
    l'\textbf{accessibilité sur le long terme} d'informations (dossiers,
  documents, données) que l'on doit ou souhaite conserver pour des raisons
  juridiques

    \medskip

    \href{https://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Archivage&oldid=186832550}
    {https://fr.wikipedia.org/wiki/Archivage}
  \end{flushright}


  \begin{exampleblock}{}
    \begin{center}
      \href{https://www.softwareheritage.org/}%
      {Software Heritage \emph{« are building the universal software archive »} (lien)}
    \end{center}
  \end{exampleblock}
\end{frame}



\begin{frame}[fragile]{Les services en ligne parfois s’arrêtent\dots}
  \begin{center}
    Pourquoi serait-il différent pour Software Heritage ?
  \end{center}

  Aucune garantie mais…

  \begin{flushright}
    Software Heritage is an open, non-profit initiative unveiled in 2016 by
    Inria. It is supported by a broad panel of institutional and industry
    partners, in collaboration with UNESCO.

    \medskip

    The long term goal is to collect all publicly available software in source
    code form together with its development history, replicate it massively to
    ensure its preservation, and share it with everyone who needs it.
  \end{flushright}

  \begin{exampleblock}{}
    \begin{itemize}
    \item Supporté par des institutions
    \item Avec la mission d’archiver
    \end{itemize}
  \end{exampleblock}

\end{frame}


\begin{frame}[fragile]{État des lieux de Guix et Software Heritage (SWH)}

  \begin{alertblock}{Guix est capable de}
    \begin{itemize}
    \item sauvegarder \hfill (automatiquement) les sources dans SWH
    \item retrouver \hfill (automatiquement) les sources depuis SWH
    \end{itemize}
  \end{alertblock}
  \begin{exampleblock}{}
    \begin{center}
      Mais pas tous les types de sources !
    \end{center}
  \end{exampleblock}

  \vfill

  \begin{itemize}
  \item Des outils disponibles dans Guix pour les sources :
    \begin{itemize}
    \item dépôt Git \hfill \texttt{git-fetch}
    \item archives \emph{tarballs} (compressées) \hfill \texttt{url-fetch}
    \end{itemize}
  \item \dots et manquants pour tout le reste \hfill (aide bienvenue :-))
  \end{itemize}
\end{frame}



\begin{frame}[fragile]{Quelques stats : préservation de Guix}
  \vspace{-0.25cm}
  \begin{center}
    \href{https://ngyro.com/pog-reports/latest/}{https://ngyro.com/pog-reports/latest/}

    \begin{tabular}{cc}
      \begin{minipage}{0.6\linewidth}
        \includegraphics[width=0.95\textwidth]{static/all-abs-hist.png}
      \end{minipage}
      &
        \begin{minipage}{0.4\linewidth}
          Sauvegarder dans Software Heritage :
          \begin{itemize}
          \item Git = 98.3\%
          \item \emph{tarballs} $\approx$ 70\%
          \end{itemize}
        \end{minipage}
    \end{tabular}
  \end{center}
\end{frame}


\begin{frame}[fragile]{Oui, mais\dots}
  \begin{itemize}
  \item Comment identifier mon code ?
    \begin{center}
      \href{https://www.softwareheritage.org/2020/07/09/intrinsic-vs-extrinsic-identifiers/}%
      {Identifiant intrinsèque vs extrinsèque (lien)}
    \end{center}
    tag (v1.2.3) vs hash (\texttt{eb34ff1}), quel hash ? etc.
  \item Comment s’assurer que tout le graphe est bien préservé ?
  \item Que se passe-t-il s'il manque les sources d'un seul n\oe ud ?
  \item On n’a pas parlé du \emph{boostrap} (les racines du graphes).
  \item etc.
  \end{itemize}
\end{frame}


\section{Au final\dots}
\subsection*{Au final\dots}


\begin{frame}<presentation>[plain,fragile,noframenumbering]{}
  \begin{center}
    \textbf{Au final}
  \end{center}
\end{frame}



\thisslide{continuum2}
\begin{frame}<presentation>[label=continuum2, fragile]{\dots Guix est un \emph{continuum}%
    \hfill \small{(sur n'importe quelle distribution Linux)}}

  \vspace{-0.5cm}

  \begin{center}
    \begin{tabular}{llr}
      un \uline{\textbf{gestionnaire de paquets}} déclaratif
      & \texttt{guix package}
      & (\texttt{-m} \emph{manifest})
      \\
      \ \ temporairement étendu à la volée
      & \texttt{guix shell}
      & (\texttt{-{}-container})
      \\
      \ \ \ \ maîtrisant exactement l'\emph{état}
      & \texttt{guix time-machine}
      & (\texttt{-C} \emph{channels})
      \\
      \ \ \ \ \ \ qui produit des \uline{\textbf{\emph{packs} distribuables}}
      & \texttt{guix pack}
      & (\texttt{-f docker})
      \\
      \ \ \ \ \ \ \ \ qui génèrent des \textbf{\uline{\emph{machines virtuelles}} isolées}
      & \texttt{guix sytem vm}
      \\
      \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ \ et aussi une bibliothèque Scheme
      & \texttt{guix repl}
      & (\emph{extensions})
      \\
      $\Big($
      la distribution Linux elle-même
      & \texttt{config.scm}
      & (Guix System)
        $\Big)$
    \end{tabular}

    \begin{alertblock}{}
      \begin{center}
        \textbf{%
          Guix permet un contrôle fin du graphe de configuration sous-jacent
        }
      \end{center}
    \end{alertblock}
  \end{center}

  \begin{exampleblock}{}
    \begin{center}
      \texttt{guix time-machine -C channels.scm -{}-}
      \emph{commande options}
      \texttt{une-config.scm}
    \end{center}
  \end{exampleblock}

  \begin{alertblock}{}
    \begin{center}
      \texttt{une-config.scm} est \textbf{reproductible}
      d'une machine à l'autre et dans le temps
    \end{center}
  \end{alertblock}
\end{frame}



\thisslide{scenarii2}
\begin{frame}<presentation>[label=scenarii2,fragile]{Scenarii}
  \vspace{-0.2cm}
  \begin{itemize}
  \item Alice utilise \texttt{python@3.9} et \texttt{numpy@1.20.3}
    \vspace{-0.1cm}
    \begin{exampleblock}{}
\begin{verbatim}
$ guix install python python-numpy
\end{verbatim}
    \end{exampleblock}
  \item Carole \textbf{collabore} avec Alice\ldots{}
    mais utilise d'autres outils pour un autre projet
    \vspace{-0.1cm}
    \begin{exampleblock}{}
\begin{verbatim}
$ guix time-machine -C version-alice.scm \
       -- install -m outils-alice.scm -p projet/alice
\end{verbatim}
        \end{exampleblock}
  \item Charlie \textbf{mets à jour} son système et \textbf{tout est cassé}
    \vspace{-0.1cm}
    \begin{exampleblock}{}
\begin{verbatim}
$ guix pull --roll-back
\end{verbatim}
    \end{exampleblock}
  \item Bob utilise les \textbf{{mêmes} versions} qu'Alice mais n'a
    \textbf{pas le {même} résultat}
    \vspace{-0.1cm}
    \begin{exampleblock}{}
\begin{verbatim}
error: You found a bug
\end{verbatim}
    \end{exampleblock}
  \item Dan essaie de \textbf{rejouer plus tard} le scénario d'Alice\dots
    \vspace{-0.25cm}
    \begin{flushright}
      \scriptsize{(voir ligne commande Carole)}\normalsize
      \hfill{}
      \dots ça dépend de la date du scénario ;-)
    \end{flushright}
  \end{itemize}
\end{frame}



\subsection*{Limitations}


\thisslide{limit}
\begin{frame}<presentation>[label=limit,fragile]{On s'habitue vite\dots}
  \begin{itemize}
  \item Fonctionne uniquement avec Linux.
  \item Environnement isolé implique une forte transparence,
    \begin{flushright}
      c.-à-d., difficile avec des parties propriétaires.
    \end{flushright}

  \item Certaines commandes peuvent apparaître lentes (\texttt{pull}, \texttt{search}, etc.),
    \begin{flushright}
      ou retourner des erreurs obscures.
    \end{flushright}
  \item Les premiers pas requièrent un peu de patience,
    \begin{flushright}
      et d’accepter que ce
      n’est \uline{pas \emph{comme d’habitude}}.
    \end{flushright}
  \end{itemize}

  \vfill{}
  \begin{alertblock}{}
    \begin{center}
      \textbf{La communauté est très accueillante et toujours disponible pour aider}
    \end{center}
  \end{alertblock}
\end{frame}



\subsection*{Ressources}


\thisslide{prod}
\begin{frame}<presentation>[label=prod]{En production}
  \vspace{-0.2cm}
  \begin{exampleblock}{}
    \begin{tabular}{lcrl|c}
      \textbf{Grid’5000}           &          &  828-nodes  &(12,000+ cores, 31 clusters) &(France)     \\
      \textbf{GliCID (CCIPL)}      & Nantes   &  392-nodes  &(7500+ cores)                 &(France)    \\
      \textbf{PlaFrIM Inria}       & Bordeaux &  120-nodes  &(3000+ cores)                 &(France)    \\
      \textbf{GriCAD}              & Grenoble &  72-nodes   &(1000+ cores)                 &(France)    \\
      \textbf{Max Delbrück Center} & Berlin   &  250-nodes  &+ workstations                &(Allemagne) \\
      \textbf{UMC}                 & Utrecht  &  68-nodes   &(1000+ cores)                 &(Pays-Bas)  \\
      \textbf{UTHSC Pangenome}     &          &  11-nodes   &(264 cores)                   &(USA)       \\
      \\
      \quad (le vôtre ?)
    \end{tabular}
  \end{exampleblock}

  \vspace{-0.65cm}
  \begin{center}
      \includegraphics[width=0.25\paperwidth]{static/guixhpc-logo-transparent-white}

    \vspace{-0.55cm}

    \href{https://hpc.guix.info/}{\texttt{https://hpc.guix.info}}
  \end{center}

  %\vspace{-1.2cm}
  JRES -- Marseille, 2022
  \href{https://zimoun.gitlab.io/jres22-tuto-guix/}{(PDF)}
  \href{https://replay.jres.org/w/3TuYmocHwKtzs7q1VtL1GB}{(Vidéo)}

  \vspace{-1.cm}
  \begin{flushright}
    \includegraphics[width=0.175\paperwidth]{static/cafe-guix}
  \end{flushright}
\end{frame}

\subsection*{Mémo}


\begin{frame}[fragile]{comment refaire plus tard et là-bas ce qui a été fait aujourd’hui et ici ?}
  \begin{alertblock}{}
    \begin{center}
      \textbf{traçabilité et transparence}
    \end{center}
  \end{alertblock}
  \begin{center}
    \emph{être capable d’étudier bogue-à-bogue}
  \end{center}

  \begin{exampleblock}{}
    Guix devrait s’occuper de tout
    \begin{center}
      \texttt{guix time-machine -C channels.scm -{}- \emph{cmd} -m manifest.scm}
    \end{center}
    si on spécifie
    \begin{description}
    \item[« comment construire »] \hfill \texttt{channels.scm}
    \item[« quoi construire »] \hfill \texttt{manifest.scm}
    \end{description}
  \end{exampleblock}

\end{frame}



\begin{frame}[plain, noframenumbering]{}
  \begin{center}
    \vfill{}
    \Large{%
      \textbf{%
        Des questions ?%
      }}\normalsize

    \vfill{}
    \texttt{guix-science@gnu.org}

    \vfill{}
    \includegraphics[width=0.2\paperwidth]{static/cafe-guix}\\
    \href{https://hpc.guix.info/events/2022/café-guix/}{\texttt{https://hpc.guix.info/events/2022/café-guix/}}

    \vfill{}
    \vspace{1.5cm}
    \href{https://zimoun.gitlab.io/fcc-inrae/}%
    {Cette présentation voir là\\
      \texttt{{https://zimoun.gitlab.io/fcc-inrae/}}}

    \vfill{}
    \href{https://archive.softwareheritage.org/swh:1:rev:f722a7ce1a5a98c8b5c1619ba826e034b5090db6;origin=https://gitlab.com/zimoun/fcc-inrae;visit=swh:1:snp:ad6a15c3fc4153ba0b4a6c09f5a62a25f5008304}%
    {(Software Heritage id swh:1:rev:f722a7ce1a5a98c8b5c1619ba826e034b5090db6)}

    % \vfill{}
    % \tiny{%
    % Copyright \copyright{} 2021 Simon Tournier%
    % }
  \end{center}
\end{frame}


\end{document}